انتقل إلى رحمة اللّه تعالى في سنة ثلاثمائة وخمس . وحينما قربت وفاته أمر الإمام الصاحب عليه السّلام أن يقوم أبو القاسم الحسين بن روح مقامه . وكان لجعفر بن أحمد بن متيل خصوصية كبيرة عند محمّد بن عثمان ، وكان يوكل إليه أكثر أمور الإمام عليه السّلام ، حتّى أنّ أكثر الناس كانوا يظّنون أنّه النائب بعده . وروى جماعات كثيرة من الشيعة أنّه : عندما قربت وفاة محمّد بن عثمان جمع وجوه الشيعة ، وقال لهم : إن حدث عليّ حدث الموت فالأمر إلى أبي القاسم الحسين بن روح النوبختي ، فقد أمرت « 1 » أن أجعله في موضعي بعدي ، فارجعوا إليه ، وعوّلوا في أموركم عليه . « 2 » فرجعت إليه جميع الشيعة ، وكان يشغل منصب السفارة أكثر من إحدى وعشرين سنة ترجع الشيعة إليه . وكان يستعمل التقيّة بالمقدار الذي جعل أكثر السنة يعتقدون أنّه منهم ، ويحبّونه حبّا شديدا . ارتحل إلى رياض الجنّة في شهر شعبان سنة ثلاثمائة وست وعشرين ، وأقام مقامه الشيخ الجليل علي بن محمّد السّمري بأمر الحجّة ، فتعلّقت به النيابة المباركة ، وقام بأمر النيابة ثلاث سنين . وانتقل إلى رحمة اللّه تعالى في النصف من شعبان سنة ثلاثمائة وتسعة وعشرين ، وهي سنة تناثر النجوم التي ارتحل فيها أكثر علماء ومحدّثي الشيعة إلى عالم البقاء . وبوفاته ابتدأت الغيبة الكبرى ، وانقطعت آثار الإمامة ظاهرا .

--> ( 1 ) في الترجمة زيادة : من قبل الصاحب عليه السّلام . ( 2 ) الغيبة / الطوسي : ص 371 / تحت فقرة 341 .